Kawasan Cagar Budaya Batujaya secara adminitrasi terletak di dua desa dan dua kecamatan. Desa segaran kecamatan batu jaya dan desa telaga jaya kecamatan pakis jaya, dengan luas areal 5 km2 . Situs-situs di Batujaya dan Pakis jaya, biasa di sebut oleh masyarakat dengan sebutan Unur, ada juga yang bilang Lemah Duhur (tanah tinggi /gundukan) tapi lebih banyak masyarakat yang bilang Unur. Secara astronomi situs ini terletak pada koordinat 1070 09‟ 17‟‟ -1070 09‟ 03” BT dan 60 06‟ 15” -6 0 16‟ 17‟‟ LS.
Berawal dari penelitian di daerah Cibuaya tahun 1984, tim penelitian situs cibuaya mendapatkan imformasi bahwa di daerah batujaya banyak sekali unur-unur/lemah duhur/bukit-bukit kecil yang berada ditengah-tengah persawahan masyarakat. Dari impormasi tersebut tim peneliti melakukan survay kedaerah batujaya, guna membuktikan imformasi tersebut.
Kemudian pada tahun 1985 dilakukan penelitian oleh Fakultas satra UI dalam rangka KKL kegiatan mata kuliah Arkeologi yang dipimpin oleh Mundardjito. Serangkaian penelitian penanganan tinggalan budaya yang berada Batujaya terus dilakukan dari berbagai instansi terkait sampai saat ini, dan sudah tercatat 62 titik yang di ketemukan di desa segaran dan desa telaga jaya.
Dan dari hasil penelitian, ditemukan bukti hunian massa Protosejarah (akhir prasejarah) berupa rangka manusia yang ditemukan di situs lempeng dan situs Blandongan. Percandian batujaya berasal dari dua tahap. Tahap pertama abad V-VII M massa Tarumanegara, dan tahap kedua abad VII-X M massa Sriwijaya (Djafar,2001:)
Hingga pada saat ini, dari 62 titik tersebut, baru 4 buah yang di tangani. Dua diantaranya sudah selesai pemugarannya (situs candi jiwa dan situs Tlj VIII) dan 2 buah lagi masih dalam tahap pemugaran (situs Blandongan dan situs serut Ia) oleh Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala serang yang sekarang menjadi BPCB (Balai Pelestarian Cagar Budaya). Penamaan situs-situs yang berada di batu jaya dan pakis jaya, berasal dari penamaan masyarakat setempat.
Stratigrafi kawasan situs Batujaya secara umum dapat di bedakan atas stratigrafi geologi dan stratigrafi Arkeologi. Stratigrafi geologi memperlihatkan pelapisan litologi yang terbentuk oleh proses pengendapan atau sedimentasi dari material alam hasil erosi. Stratigrafi arkeologi merupakan perlapisan alam maupun buatan, yang berisi sisa-sisa kehidupan manusia dan budayanya. Pada dasarnya stratigrafi arkeologi adalah perlapisan litologi yang mengandung sisa fisik manusia dan sisa benda-benda hasil budayanya (material culture). Perlapisan buatan diantaranya lapisan tanah urugan yang sengaja di buat oleh manusia.
Berdasarkan ekskavasi dibeberapa situs Batujaya dapatlah diketahui secara garis besar gambaran mengenai stratigrafi situs, yang secara umum dapat di bagi dalam empat strata. Keempat strata tersebut berturut-turut dari bawah keatas, adalah Strata Prasejarah, Strata Peralihan, Strata Hindu-Budha dan Strata Baru (modern). Dalam arkeologi stratigrafi mempunyai peranan yang sangat penting dalam hubungannya dengan kronologi khususnya dalam penentuan pertanggalan relatif (relatif dating).
Pada strata dari zaman prasejarah kita menemukan struktur bangunan bata. Hal ini tidaklah berarti bahwa pada zaman prasejarah telah dikenal pembutan bangunan dari bata. Kehadiran struktur bangunan bata dilapisan budaya prasejarah tidaklah lain dari pada kenyataan bahwa struktur bangunan bata tersebut adalah bagian fondasi dari stuktur bangunan yang tersisa, yang dibuat pada masa Hindu\x02Buddha. Seperti diketahui pembutan fondasi bangunan candi umumnya dilakukan dengan terlebih dahulu membuat lubang galian fondasi (foundation trench) sampai kedalaman tertentu sesuai dengan ketentuan dalam kitab-kitab acuan seperti Manasara. Lubang galian fondasi ini terkadang dibuat sampai menembus kebawah sampai di lapisan budaya prasejarah.